接受谜样男子的委托，小五郎和柯南一行人前往横滨。
但是，却中了那名男子的圈套，兰和少年侦探团被扣为人质。男子限时12小时。该期间内若不能解开被委托的事件的真相，兰等人便会被炸弹炸成碎片。更令人吃惊的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新一！
“关西的高中生侦探”服部平次及怪盗KID也会登场！！
时间一分一秒的流逝。柯南等人能解开事件的关键、在规定时间内平安解救出兰等人吗！？ 谜一般的委托人、黑影的真正身份是……
